Этот музей был открыт в 1998 году, когда прославленный мир отмечал 1000-летие крещения Руси. В русских летописях под тем же годом впервые упоминается и Тмутараканское княжество, местонахождение которого долгое время было исторической загадкой. В 1792 году в Тамани был найден знаменитый тмутараканский камень, позволивший локализовать загадочный город на месте многослойного Таманского городища. Находка камня и его изучение положили начало отечественной палеографии и эпиграфики, а также вызвали большой интерес учёных к древностям Таманского полуострова, в целом, неослабевающий по сей день.
В XIX веке здесь были открыты подкурганные склепы, содержащие в себе шедевры мирового искусства: ювелирные изделия, мелкая пластика, расписные сосуды, оружие и др. предметы, ставшие хрестоматийными и составляющие ныне гордость столичных музеев. В нашей экспозиции часть их представлена в слайдах полиэкрана.
Одним из достоинств этого музея является его архитектурное решение. В соответствии с античными традициями, внутри музее устроен атриум, соединяющий два экспозиционных зала, дополнительно освещая их и создавая впечатление единого пространства. В имплювии (бассейне), в зависимости от времени суток, отражаются то беломраморные колонны, то фрагменты древней расписной штукатурки. Ощущение особой свежести и поэтичности придают музею растущие во дворике под открытым небом виноград и розы.
Завершает экспозицию музея галерея портретов выдающихся отечественных археологов. Благодаря им, Таманский полуостров стал своеобразной научной лабораторией, через которую прошло несколько поколений исследователей - антиковедов и медиевистов. Материалы таманских раскопок опубликованы в десятках классических монографий, в сотнях научных статей и послужили темой многочисленных диссертаций.