Музей природы раньше располагался в помещениях бывшего Козьмо-Дамиановского монастыря. Во время войны, в 1942 г. музей уничтожен фашистами. В 1957 г., по инициативе Н. С. Хрущова, решившего поразить своих высокопоставленных гостей крымской охотой, заповедник получил статус заповедно-охотничьего хозяйства. Его филиалами в 1978 г. стали: заповедник Лебяжьи острова, имеющий международное значение, и Каркинитский государственный заказник. Животный и растительный мир этих заповедных зон представлен в открытом 15 апреля 1976 г. Музее природы. Вместе с созданным рядом с ним в 1982 г. дендро-зоопарком, музей является природоохранным отделом Крымского заповедно-охотничьего хозяйства.
В собрании музея около 800 экспонатов: геологические, флористические и фаунистические коллекции. Экспозиция открывается материалами об истории заповедно-охотничьего хозяйства. Рельефные карты дают наглядное представление о границах хозяйства, его филиалов. В следующем зале экспонируется схема эволюции растительного мира и приведена классификация произрастающих в заповеднике высших (1150 видов) и низших растений. Специальные разделы посвящены геологии, почвам, растительному покрову: сосновым, буковым и дубовым лесам, редким и исчезающим видам растений, охране природы. В последнем зале демонстрируется карта "Природные заповедные объекты Крыма". Экспозицию украшают диорамы - "Никитская яйла", "Сосновый лес", "Буковый лес", "Дубовый лес".
В отделе зоологии посетители знакомятся с эволюцией фауны, с видовым составом животного мира заповедника: здесь обитают 39 видов млекопитающих, 185 - птиц, 8 - рыб, 14 видов амфибий и рептилий; на Лебяжьих островах и в прибрежной зоне - более 230 видов птиц. Демонстрируется первоклассная коллекция птиц. Об уникальном уголке крымской природы дает представление диорама "Лебяжьи острова". В вольерах дендрозоопарка живут благородные олени, косули. кабаны, муфлоны, белки, гибридные фазаны "охотничьи", черные грифы и др.
